飛騨地方は、古生代から新生代までのほとんどの地層が露出している、世界的にもたいへん珍しい地域です。日本最古の化石や最新の深成岩が発見されることからも、日本列島形成の歴史が凝縮された地域といえるでしょう。
『飛騨展示室』では、大自然が現在の姿に至るまでに、人類を含むあらゆる生命が果たしてきた役割を化石やジオラマを通してわかりやすく展示しています。
また、岐阜県と北陸三県の境界から産出する化石を中心に、隕石や岩石・鉱物などを含め10,000点以上に及ぶ自然史資料を収蔵しており、『学術研究機関』に対する提供資料から、新種化石7点及び手取層群産出ベレムナイト化石にて論文が発表されています。